十四年，朝廷令四川巡抚正式兼任四川巡抚，废除四川巡抚一职。最大的变化是乾隆十三年，四川巡抚兼任四川巡抚，四川巡抚被废。让他做四川巡抚，兼任四川巡抚。四川巡抚只在四川主政过一个省，也和其他省份一样。
乾隆为什么要撤销四川巡抚，而保留四川总督？
作为清朝执掌地方军政大权的封疆大吏，总督巡抚地位极高。这两个职位继承自明朝，又根据现实情况，进行许多变动。四川地区的总督巡抚，就是如此。而最大的变化，就是在乾隆十三年时，由四川总督兼任四川巡抚的职务，四川巡抚被裁撤。这个变动，其实并非乾隆拍脑门的决定，而是长期以来，四川的历史变化。四川位处西南腹地，是内地重要枢纽，省内物产丰饶，有大片适合耕种的土地，以及发达的水利工程。
千年以前，四川就有成都这样可以在繁华上，媲美洛阳扬州的城市。这样一个省份，自然不能要牢牢把握在手中。可是，顺治年间，清朝虽然入关占领北京，可是四川仍在张献忠手里。张献忠在明末农民战争中崛起，麾下有一支经历战争磨练的军队，实力不弱。一开始时，清朝曾主动招降张献忠，但被拒绝。不过，直到顺治二年，清朝击败李自成主力后，才开始把打击目标放在张献忠身上。
当时除了军事上的安排，其中一个变化，就是增设总督，管辖湖广四川。跟巡抚不同，总督更偏向军事，可以更好协调军事，集中军事资源。顺治四年时，才第一次设立专门的四川总督。此时的四川总督，仍是虚衔，并没有真正的辖区。顺治五年设立的四川巡抚，其实也没有真正的辖区。但是，已经可以看出，清朝有足够余力，开始完善对四川的地方管辖。
设立四川巡抚时，清朝对四川已经有一定战绩。顺治四年时，清朝打死张献忠，并趁机占领四川。只是很快遭到反扑，并没有长久在当地扎根。形势仍在不断变化，四川总督的职位，也在顺治年间，经历多次变化。从顺治到雍正时期，四川总督还经常被并入陕西湖广。这都是根据战事需要，进行调整。比如顺治年间让陕西总督兼任四川，就是因为四川当时缺少粮草，需要从陕西调集。
随着天下逐渐平定，清朝完全占领陕西后，四川总督四川巡抚也有自己专门的辖区。这种分开设立，也是考虑到当时的具体情况。总督偏向军事，巡抚注重民事。这种分开设立，其实是很有必要的。清朝初年，面临各种军事战争，突发情况。即便顺治时期，天下基本平定。可是，到康熙时期，吴三桂举起反清复明的旗帜后，很多地方都有人起来相应。
除了老百姓，还有不少是总督总兵这种级别的官员。设立总督坐镇，应对突发军事战争，就是必然的。另一方面，四川自明末数十年战争后，人口凋敝，土地荒芜。很多地方甚至出现虎患，大白天的时候，也可以看到老虎在路上四处闲逛。县衙学府，都成为老虎住的地方。即便是白天78个人拿着棍子一起走，都有可能被老虎叼走。欧阳直在蜀乱里说到四川遍地皆虎，或七八或一二十，升楼上屋，浮水渡船。
当地又京城爆发瘟疫，很多人得不到医治，只能躺在床上等死。这些情况，又导致粮食奇缺。军队没有军粮，就劫掠百姓。清朝初年的四川，几乎没有生气，断了人烟。让四川巡抚专门处理民事，对于四川的恢复，极为有利。后来对四川影响极大的湖广填四川政策，便是由康熙时期的四川巡抚张德地提出的。而且，巡抚又可以协助朝廷调集军粮，对于清朝初年复杂的军事变化，也极为有利。
但是，在康熙时期，就已经有让四川总督兼任四川巡抚的例子。康熙五十七年的时候，朝廷觉得年羹尧办事不错。就让他以四川总督的身份，兼任四川巡抚。这种安排，有它的好处。四川距离京城，路途遥远。授予总督更大的权限，对于处理地方事务，极为有利。不过，此时仍只是人事上的安排，而非固定的制度。到后来，清朝开始推行让总督兼任驻地省份巡抚的惯例。
如果闽浙总督驻福州，也是福建总督。四川巡抚只在四川主政过一个省，也和其他省份一样。当然，扩大州长的权力是有危险的。这使得总督很容易分割领土，不服从命令。所以除了各种监察官员，乾隆十三年，政府指定四川巡抚为专职。空缺的含义是这些特定的职位必须由特定出身的官员担任。